一张清晰而完整的编码转录组图像

mRNA-Seq检测已知和新的转录本,测定转录本丰度,带来全面而准确的分析

大乐透计划:mRNA测序

超级大乐透中奖规则 www.slf2t.cn mRNA测序(mRNA-Seq)已迅速成为分析疾病状况、生物过程及广泛研究设计中的转录组的首选方法。mRNA-Seq不仅可提供极为准确且高灵敏度的量化基因表达,还可识别已知的和新的转录异构体、基因融合和其他特征及等位基因特异性表达。mRNA-Seq可提供编码转录组的完整视图,而并不受限于先验知识。

简单三步轻松完成mRNA-Seq

通过此无缝工作流程解决方案分析标准mRNA样本中的编码转录组。
查看推荐的工作流程

从芯片向mRNA-Seq转变

Expression Analysis开发的工具使得进行mRNA-Seq结果与以前芯片数据的对比变得更为方便。

查看访谈
mRNA测序的优势

与基因表达芯片相比,mRNA-Seq在分析转录组方面具有诸多优势。

  • 该方法适用于更广泛的动态范围,不仅可增加灵敏度,还可提高基因表达中测量的倍数变化的准确性。
  • 可捕获已知特征和新发特征
  • 可广泛应用于众多物种

比例压缩是一种既有的基因表达芯片技术限制,会降低动态范围,并且可能会掩盖或改变测量到的转录变化1–3。相反,mRNA-Seq不受此偏向性约束,可以更全面准确地测量基因表达变异。

此外,mRNA-Seq还可提供链信息,允许检测反义表达,更准确地量化重叠转录本,增加可比对片段的百分比。

自闭症与mRNA-Seq

Stanley Lapidus(SynapDx创始人、总裁兼CEO)介绍公司是如何应用mRNA-Seq研究自闭症的。

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建议的标准样本mRNA-Seq工作流程

1 2 3
1 文库制备

制备
您的文库使用

TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒

精简、成本效益高且可扩展的mRNA-Seq文库制备方式。

2 高效测序

高效
测序使用

NextSeq 500

支持多应用的桌面式测序仪,每次运行可对5–16个mRNA样本测序。

3 分析和存储数据

分析和
存储数据使用BaseSpace应用程序

TophatCufflinks

组装新转录本、执行差异表达分析以及更多操作。

Illumina边合成边测序(SBS)化学反应是应用最广的NGS技术,生成的测序数据量约占全球90%。*

Illumina不仅提供业内领先的数据质量,还提供集成式mRNA-Seq工作流程,简化了从文库制备到数据分析和生物解释的整个流程。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒

以精简、经济高效及可扩展的方式对mRNA-Seq进行文库制备,可精确测量链取向。准确测量基因和转录本丰度,并检测编码转录组中的已知特征和新特征。

TruSeq RNA Access文库制备试剂盒

适用于对低质量/FFPE样本进行mRNA-seq的总成本较低的解决方案,准确测量基因和转录本丰度,并检测编码转录组中的已知特征和新特征。

NeoPrep 文库制备系统

用于制备高质量NGS文库的系统,使用方便,并可兼容illumina的所有测序平台。

适用于NeoPrep的TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒

与NeoPrep系统兼容,可提供高质量、重复性好的文库,所需输入的样本量较少。

比较各种mRNA-Seq文库制备试剂盒

确定最适合自身需求的试剂盒。

MiSeq系统

针对重点应用快速简单,每次运行可对1个mRNA样本测序。

NextSeq 500系统

灵活支持多种应用的桌面式测序仪,每次运行可对5–16个mRNA样本测序。

HiSeq 2500系统

功能强大且效率高,每次运行可对12-80个mRNA样本测序。

HiSeq 3000/HiSeq 4000系统

高通量RNA-Seq,HiSeq 3000系统和HiSeq 4000系统分别支持最多50个或100个人类转录组。

平台比较工具

比较各个测序平台,找出最适合您的实验室和应用程序的系统。

测序试剂

查找每个Illumina测序系统的专用试剂盒,其中包含测序试剂、流动槽和/或缓冲液。

RNA Express应用程序

使用STAR比对器比对RNA-Seq片段,并向基因分配比对后的片段,然后用DESeq2进行差异表达。

TopHat比对应用程序

定位片段、对参考基因和转录本进行丰度估算、检出变异并提供可选的融合物检出。

Cufflinks组装和差异表达(DE)应用程序

组装新转录本并执行新转录本和参考转录本的差异表达分析。

博德研究所的IGV

哈佛-麻省理工博德研究所开发的基因组浏览器,可显示复杂变异分析的NGS数据。

Genomatix Pathway System (GePS)

将单个基因或基因列表与通路、疾病、组织和小分子的注释数据关联起来。

iPathway Guide

差异基因表达、药物相互作用和疾病分析。

BaseSpace Cloud或Onsite

Illumina的基因组学计算环境,适合NGS数据分析和管理。

NextBio Research

不断扩大的精选基因组数据库,为研究人员确定疾病机制、药物靶点以及生物标志物提供支持。

用于癌症研究的mRNA-Seq
用于癌症研究的mRNA-Seq

癌症会积累大量的基因变化,但通常只有少数发展为肿瘤。借助mRNA-Seq监控基因表达变化有助于识别疾病预后或治疗反应的预测性生物标志物。mRNA-Seq还支持对基因表达和病因进行特征分析,并可了解影响肿瘤分类和发展的变异。了解癌症RNA-Seq的更多信息。

用于复杂疾病研究的基因表达图谱
用于复杂疾病研究的基因表达图谱

基因表达图谱和调控研究可让您形象地了解基因组、表观遗传和环境因素对常见疾病的影响程度。mRNA-Seq是一种成熟高效的探查和图谱分析工具,可提供具有较高影响力的研究结果,并识别针对一系列复杂疾病的下游调查的目标靶点,其中包括神经系统、免疫系统、新陈代谢以及心血管方面的疾病。了解基因表达图谱的更多信息。

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单细胞mRNA-Seq
单细胞mRNA-Seq

Norma Neff博士详述了斯坦福大学的工作人员如何使用单细胞mRNA-Seq来了解早期发育情况。

查看访谈
mRNA-Seq数据分析
RNA-Seq数据分析

用户友好的软件工具,可简化mRNA-Seq数据分析,生物学家无论拥有何种程度的生物信息学经验,都能轻松使用。

查找分析工具
用于基因表达研究的RNA-Seq
用于基因表达研究的RNA-Seq

Illumina提供集成的mRNA-Seq工作流程,可让您更深入地了解生物学。

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低质量和FFPE样本的mRNA-Seq
低质量和FFPE样本的RNA-Seq

福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本以及其他低质量样本的RNA-Seq为疾病研究提供了有价值的见解。

深入了解FFPE RNA-Seq
双末端RNA测序
双末端RNA测序

双末端RNA-Seq支持检测基因融合、对新的剪接异构体进行特征分析等探查应用。

了解详情
参考文献
  1. Shi L、Tong W、Su Z等。芯片描仪校准曲线:特征与含义。《BMC生物信息学》。2005;6 Suppl 2:S11。
  2. Naef F、Socci ND、Magnasco M。寡核苷酸芯片的准确性和精确度研究:在广阔的研究领域获取更多信号。《生物信息学》。2003;19:178-184。
  3. Yuen T、Wurmbach E、Pfeffer RL、Ebersole BJ、Sealfon SC。商用寡核苷酸和定制cDNA芯片的准确性和校准。《核苷酸研究》。2002;30:e48。

* 存档数据计算。Illumina, Inc., 2015

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