全面探索甲基化组

NGS的高覆盖密度和高灵活性促进表观遗传学研究

大乐透专家预测:测序法甲基化分析

超级大乐透中奖规则 www.slf2t.cn 胞嘧啶甲基化可能明显改变基因的时空表达和染色质重塑。全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)利用新一代测序(NGS)和全基因组分析的力量,提供整个基因组甲基化模式的单碱基分辨率全面视图。

  • 可发现整个基因组中所有CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式
  • 能以少量的DNA捕获全面的样品多样性
  • 能查看大多数物种基因组中几乎每个胞嘧啶的甲基化

许多方法利用NGS的高质量和灵敏度来进行甲基化分析。大多数方法依赖于DNA的重亚硫酸盐转化来检测未甲基化的胞嘧啶。在文库制备过程中,重亚硫酸盐将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶。转化后的碱基在测序中被识别为胸腺嘧啶(PCR后),并通过序列计数来确定甲基化胞嘧啶的比例。

重亚硫酸盐转化测序可通过靶向方法完成,如扩增子甲基化测序(Methyl-seq),或全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)。此外,TAB-Seq和OxBS等替代方法也利用NGS来鉴定羟甲基化(5-hmC)并开展甲基化(5-mc)分析。

如需深入了解甲基化分析方法,请查看DNA甲基化分析的实验指南。

Perturbation of Methylation

世界上超过90%的测序数据是利用Illumina的NGS技术产生的。*

除了业界领先的技术,Illumina还为甲基化测序提供了一个全面支持的、从文库制备到数据分析的流程。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

TruSeq DNA Methylation Kit

构建全基因组重亚硫酸盐测序文库,仅需50 ng DNA。

NextSeq 500/550 System

灵活的台式测序仪,支持多个应用,每2个flow cell可测序1个DNA样品。

HiSeq 2500 System

强大高效,每个flow cell可测序2个DNA样品。

HiSeq 3000/HiSeq 4000 Systems

最高通量,最低成本,每个flow cell可测序2-3个样品。

平台比较工具

比较测序平台,并确定最适合您的实验室和应用的系统。

测序试剂

查找为每个Illumina测序系统定制的试剂盒,它们包括测序试剂、flow cell,和/或缓冲液。

MethylSeq App

将重亚硫酸盐处理后的测序序列定位到感兴趣的基因组,并利用Bismark算法开展甲基化检出。Bowtie 2是一种超快、存储高效的工具,可比对序列与长参考序列。

MethylKit App

开展差异甲基化分析。

BaseSpace Data Repository

查看利用TruSeq DNA Methylation Kit和Illumina测序仪产生的WGBS数据示例(使用“Methyl-Seq”为关键词过滤)。

癌症中的表观遗传改变
甲基化异常

癌症中表观遗传改变的研究,如甲基化异常和转录因子结合的改变,可提供重要的致瘤通路的线索。由于甲基化改变往往会激活或沉默基因,表观基因组的变化可能影响基因表达和癌症发展的速度。进一步深入了解癌症表观遗传学。

复杂疾病的甲基化图谱分析
甲基化图谱分析

全基因组的甲基化图谱分析可帮助研究人员了解在复杂疾病的病例中起作用的机制。异常的胞嘧啶甲基化可能影响基因表达,并牵涉到许多疾病过程,如阿茨海默病和哮喘。 进一步深入了解甲基化图谱分析。

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Whole-Genome Bisulfite Sequencing Library Prep
全基因组亚硫酸氢盐测序文库制备

高效的纳克级文库制备、测序、和DNA甲基化分析。

查看 PDF
Epigenetic Contributions to Addiction
表观遗传学对依赖性的促进作用

Marilee Morgan探讨了使用NGS将表观遗传特征与药物滥用者脑部图像扫描相关联。

观看访谈
Field Guide to Methylation Methods
甲基化研究方法图鉴

胞嘧啶甲基化影响以及检测胞嘧啶修饰的传统方案的系统综述。

阅读指南
When Whole-Genome Sequencing Is Not Enough
如何弥补全基因组测序的不足

研究人员使用Illumina技术进行全外显子组、全基因组以及全表观遗传学组测序,成功发现了癌症亚型。

观看视频
Library Prep for WGBS with Fraz Syed
Fraz Syed进行WGBS时采用的文库制备方案

Illumina 科学家 Fraz Syed 讲解全基因组亚硫酸氢盐测序的文库制备工作。

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Library Prep for WGBS with Fraz Syed
DNA甲基化测序App

了解更多关于分析NGS甲基化检测数据的生物信息学解决方案。

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*存档数据计算。Illumina, Inc. 2015

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