DNA与蛋白结合序列的精准分析

运用染色质免疫沉淀技术与NGS进行更全面的基因调控全基因组研究

大乐透玩法:染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)

超级大乐透中奖规则 www.slf2t.cn 通过染色质免疫沉淀(ChIP)检测和测序技术相结合,ChIP测序(ChIP-Seq)成为鉴定转录因子及其他蛋白因子在全基因组范围内的DNA结合位点的强有力方法。在ChIP操作之后,通过特异抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀。结合的DNA被同时沉淀、纯化并测序。

新一代测序(NGS)在ChIP上的应用已经揭示了一些在各种疾病和生物学通路(如发育和癌症发展)中发挥作用的基因调控事件的线索。ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。

  • 可在任何生物体的整个基因组中捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点
  • 确定转录因子的结合位点
  • 结合RNA测序和甲基化分析,揭示基因调控网络
  • 可兼容不同起始量的DNA样品
ChIP-Seq的优势

ChIP-Seq可鉴定DNA结合蛋白的结合位点,可用于定位一个给定蛋白的整体结合位点。芯片及其他研究表观基因组的方法往往有着内在的偏向性,因为它们需要来自已知序列的探针,ChIP-Seq则不同,不需要任何先验知识。ChIP-Seq通过大规模并行测序提供全基因组的图谱,产生覆盖多个样品的数百万次计数分析,实现经济且精确的分析。

无偏差的表观遗传模式研究

Illumina的边合成边测序(SBS)技术是全球最广泛采用的NGS技术,已产生了全球大约90%的测序数据。*

不仅仅产生业界领先的数据质量,Illumina还提供从文库制备到数据分析的完整流程,可简化测序。

单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。

TruSeq ChIP Library Prep Kit
从ChIP来源的DNA中制备ChIP-Seq文库,该方法简单且低成本。
MiSeq系列

专注性,每次运行测序1-6个ChIP-Seq样品。

NextSeq系列

灵活性,可同时测序8-24个ChIP-Seq样品。

HiSeq系列
生产级,平行测序4-150个ChIP-Seq样品,
这取决于感兴趣的目标蛋白。
平台比较工具

比较各种测序平台,选择最适合您的实验室和应用的系统。

测序试剂

寻找每个Illumina测序系统定制的试剂盒,它们包括测序试剂、流动槽,和/或缓冲液。

注意:对于ChIP-Seq,高度靶向的转录因子可能需要较少的reads(500-1500万个),而普遍存在的蛋白,如组蛋白标记抓取,可能需要较多的reads(5000万个)。

ChIP-Seq App

利用MACS2鉴定转录因子的结合位点,并利用HOMER发现尖峰中的motif。

Genomatix Pathway System (GePS)

通路、网络和过程的生成和查看。

BaseSpace Cloud or Onsite

Illumina的基因组学计算环境,适合NGS数据分析和管理。

NextBio Research

一个不断增长的基因组数据库,支持研究人员鉴定出疾病机制、药物靶点和生物标志物。

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癌症中表观遗传变化的研究,如甲基化异常和转录因子结合的改变,可带来重要的致瘤通路的线索。深入了解癌症表观遗传学。

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分析基因表达和调控让人们了解基因组和环境的变化如何导致常见病。深入了解基因表达谱和调控研究。

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*存档数据计算。Illumina, Inc., 2015

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